选种是浸种前不能缺少的重要工作，可以采纳风选和水选来进行筛选。风选就是用专门筛谷的专用风车，筛去谷子的空壳，稻谷的枝叶，再用篓子过筛，筛出破碎细小的谷粒。水选就是用黄泥水和盐水按照一定的密度进行水选，选完稻种后，再用清水洗干净，如果是杂交稻，可用清水直接选种，把漂浮在水面的空谷捞出，选择饱满的稻种，因为没有纯稻种饱和度的高。
  水稻晒种主要有三个作用：1.太阳光中的紫外线具有杀菌能力，因此晒种有一定的杀菌作用。2.晒种可促进氧气进入种子内部。3.晒种可以提高酶的活性，增强种皮的通透性，出芽较整齐。